В 1941 году СГМИ стал одним из крупнейших медицинских вузов страны, но начало Великой Отечественной войны резко изменило налаженную деятельность вуза. Последний предвоенный 21-й выпуск врачей состоялся уже в горящем от налетов вражеской авиации городе. Не было ни торжественных речей, ни музыки, ни цветов. Директор института В.А. Батанов прощался с выпускниками и вручал дипломы прямо на улице, возле главного корпуса. Многие из них тут же уходили на фронт защищать Родину.
Ушли на фронт и многие сотрудники. Среди них директор института В.А. Батанов, профессора Г.Г. Дубинкин, М.З. Попов, Г.С. Марголин; доценты В.Г. Молотков, К.К. Комешко; ассистенты Г.М. Стариков, М.У. Стунжас; преподаватели И.П. Баловнев, В.А. Емельянов, Ф.Т. Иванов, Е.В. Курликов, А.Е.Киселев и др. На различных фронтах войны они воевали и работали в медсанбатах и госпиталях, честно и самоотверженно выполняли свой гражданский и профессиональный долг, проявляя мужество и героизм.
Тысячи жизней защитников Родины спасли выпускники института С.А. Пушкарев, Н.И. Третьяков, П.Н. Халеев, П.К. Иванов, Г.Л. Шлидман и др. Многие из них отдали жизнь на боевом посту. Это преподаватели С.И. Короткин, А.В. Горохов, Н.И. Кузнецов, А.Н. Савелова, студенты и выпускники М.З. Гинзбург, А.З. Кудаков, Д.Н. Погребов, Т.С. Кожухина и др. Оставшиеся в оккупации выпускники воевали с врагом в подпольных патриотических группах и партизанских отрядах. Врач Прасковья Васильевна Шестерникова, студенты Иван Андреев и Нина Чуркина погибли в застенках гестапо. В честь памяти погибших в годы Великой Отечественной войны в октябре 1967 года на территории СГМИ был открыт памятник-обелиск, возведенный на средства коллектива института. С тех пор возле его подножья всегда лежат цветы. Здесь встречаются ветераны и проходят торжественные мероприятия, посвященные празднованию Дня Победы.