Командир батальона 205-го гвардейского стрелкового полка 70-й гвардейской стрелковой дивизии 13-й армии, гвардии капитан, Герой Советского Союза, Почётный гражданин Курганской области.
В 1940 году был вновь призван на воинскую службу и направлен учиться на курсы младших лейтенантов. В мае 1941 года Елисеев был назначен командиром стрелковой роты и направлен на военные учения в западные области страны. При выгрузке из эшелона воинская часть попала под фашистскую бомбёжку. А на следующий день в рукопашной схватке с немцами рота Елисеева обратила в бегство гитлеровское подразделение. После новых боевых схваток с врагом остаткам роты пришлось отступать, трижды прорываться из окружения. 29 июля Елисеев был ранен. После выхода из окружения лечился в госпитале.
В 1943 году Федот Васильевич окончил командирские курсы «Выстрел», был назначен командиром стрелкового батальона. Участвовал в боях на Курской дуге, в освобождении городов Глухов, Бахмач, Веркиевка. Был награждён орденами Александра Невского, Красной Звезды. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 16 октября 1943 года гвардии капитану Федоту Васильевичу Елисееву присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».После форсирования Днепра Елисеев был назначен заместителем командира полка. Воевал с фашистами на Центральном и 1-м Украинском фронтах, а затем с японскими милитаристами на Забайкальском фронте. Был награждён орденами Красной Звезды, Отечественной войны I и II степени, многими боевыми медалями. В 1945 году Федот Васильевич окончил ускоренные курсы при Военной академии имени <nobr>М. В. Фрунзе</nobr>. Командовал полком. С 1952 по 1962 годы был военным комиссаром города Кургана. Вёл большую воспитательную работу с молодёжью. Он удостоен званий Почётный гражданин города Кургана и Почётный гражданин Курганской области. На доме по ул. М. Горького, в котором жил Герой, установлена мемориальная доска.